Le guide présente les normes européennes à la source des outils NATURA 2000 de protection de l’environnement ainsi que les lois et décrets fixant en droit français leur transposition. Il décrit ensuite la réalité d’un port de commerce, son emprise géographique, ses activités courantes, ainsi que celles des navires qui le fréquentent. Il détermine les catégories de pression exercées sur les milieux et les espèces marines (oiseaux, poissons, mammifères). Un point méthodologique est fait sur la mesure environnementale des pressions et des impacts, qui permet de jeter les bases du suivi environnemental et d’évaluer les possibles mesures destinées à les réduire, les supprimer ou les compenser.